Logo ITSBM Selayar berbentuk segi lima berbingkai, di dalamnya terdapat tulisan Institut Teknologi, Sains, dan Bisnis Muhammadiyah Selayar, gambar padi dan kapas, serta lambang Muhammadiyah.
Logo ITSBM Selayar memiliki makna:
a. Segi lima: membentuk insan akademisi/profesional yang berjiwa Islam, berguna bagi masyarakat, bangsa dan negara;
b. Tulisan Institut Teknologi, Sains, dan Bisnis Muhammadiyah Selayar, sebagai identitas logo;
c. Gambar padi dan gambar kapas melambangkan bahwa ITSBM Selayar memberikan manfaat bagi kesejahteraan bangsa dan negara;
d. Gambar padi berjumlah 18 kuncup, sedangkan kapas sebanyak 11 kuncup, melambangkan lahirnya Muhammadiyah, tanggal 18 Nopember 1912;
e. Lambang Muhammadiyah mempunyai makna bahwa ITSBM Selayar mengemban visi dan misi Persyarikatan Muhammadiyah;
f. Logo ITSBM Selayar berwarna dasar biru gradasi hijau. Warna biru mencirikan kesejahteraan rakyat secara geografis berada di kawasan maritim dengan keunggulan perikanan dan warna hijau mencirikan keunggulan pertanian.
